Uno de los rasgos más característicos de la Filosofía de la Ciencia de Lakatos radica en el papel científico y metodológico, Lakatos cambia la unidad de evaluación de la metodología de Popper: teorías aisladas (una unidad abstracta), por la noción histórica de Series de Teorías o Programas de Investigación Científica. A nivel metacientífico o metametológico, introduce una nueva teoría: los Programas de Investigación Historiográfica para la evaluación de metodologías rivales. Las distintas metodologías pueden compararse criticando las Reconstrucciones Racionales a las que conducen, sin necesidad de hacer referencia directa a ninguna otra lógica o epistemológica. Según palabras de otro célebre metodólogo actual: "Entre los nuevos filósofos de la ciencia que sustituyen los castillos formales en el aire por un estudio detallado de las fuentes primarias en la historia de la ciencia, junto a Kuhn, Ronchi o Hanson, destaca muy especialmente Imre Lakatos, que casi ha convertido el estudio de casos concretos en una empresa artística, y cuyas sugerencias filosóficas pueden utilizarse otra vez para transformar el proceso de la ciencia misma" (P. K. Feyerabend).
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